Els òrgans de representació i gestió de la Schola són el Congrés de Mestres i el Consell Acadèmic.

El Congrés de Mestres està format per aquelles persones que s'han destacat per la seva investigació en el camp del lul·lisme o de la cultura medieval o han protegit d'una manera preclara la investigació lul·liana. El seu nomenament correspon al Consell Acadèmic.

El Consell Acadèmic està integrat pel Rector i deu membres, elegits pel Congrés de Mestres. El Rector ha de residir a Mallorca.